新能源汽车发展思路不清晰，以及《规划》的难产，在外界看来，主要来自于各方面对新能源汽车发展的准确路线无法看清以及无法统一不同的意见，这主要为各大部门在协调之中，尚无法达成一致。
有31.6%的网友表示：“部门之间分工协作不畅，政出多门”是新能源汽车无法取得突破的主要原因。
“从发展路线上看，工信部倾向于发展节能汽车（包括油电混合动力汽车）和新能源汽车（包括充电式纯电动汽车、插电式混合动力汽车），而科技部则坚持发展三纵三横（”三纵“就是混合动力汽车、纯电动汽车与燃料电池汽车；”三横“指多能源动力总成控制系统、电机及其控制系统和电池及其管理系统），汽车协会则希望所有的路线均有所体现。”汽车分析师贾新光表示，发展路线的不同导致了不同主管部门的意见不一，造成新能源车的发展无法取得同一意见。
然而，就在《规划》尚在做最后酝酿之时，科技部近日率先推出了电动车“十二五”规划，未来5年将主要突破电池、电机、电控系统等关键技术，实现到2015年电池生产成本降至现在的一半，电动车保有量达到100万辆。其主要路线是将实现以小型纯电动汽车技术平台的突破，以及充/换电技术标准为代表的电动汽车标准体系的完善。
科技部推出的电动车“十二五”规划，也一度被外界解读为工信部与科技部在电动车发展的路线上，已经无法达成了一致，两者已经在暗中争夺未来新能源车发展的主导权。而在这一次《求是》发表的报告中，也指出了新能源汽车发展过程中，暴露出我国体制上的一些突出问题，各部门、各行业往往不能在国家目标上形成一致和分工合作。体制问题是影响战略性新兴产业发展的一大障碍。
贾新光表示，从现在来看全世界对新能源汽车的发展路线尚没有一个明确的定论。“现在还没有到下结论的时候，各种方案均在讨论之中。应该鼓励不同路线的尝试，可以讨论其中的可行性，但不要急于统一。如果现在一味的发展纯电动车，将其他路线所抛弃，这对于自身的发展反而不利。”
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